Eduardo Bonomi nació el 14 de octubre de 1948, en Montevideo, Uruguay. Realizó estudios en Facultad de Veterinaria de Universidad de la República, donde presidió el gremio estudiantil y fue delegado de la Federación de Estudiantes Universitarios del Uruguay (FEUU).
En 2000-2005 fue diputado alterno y coordinador de la Bancada Parlamentaria del Movimiento de Participación Popular (MPP). En 2004 fue electo diputado por el MPP y designado ministro de Trabajo y Seguridad Social por el presidente Tabaré Vázquez para el periodo 2005-2009.
En 2009 fue electo senador de la República y ese mismo año, el presidente electo José Mujica lo designó ministro de Interior, cargo que asumió el 1º de marzo de 2010.